改革开放以来，伊旗不断加强卫生基础设施建设，深化卫生体制改革，逐步完善农牧民健康保障制度，使全旗卫生事业得到长足发展。 　

　　从 2005年10月份开始动工建设的伊旗医院新址，伊旗财政投资约7000万元，设计病床250张，占地面积6.4万平方米，总建筑面积2.41万平方米，新医院投入使用后，将会成为自治区环境一流、设备一流的旗县综合医院。近几年修建的还有2004年投资330万元新建卫生局和疾病控制中心办公大楼，2006年投资1233万元新建6所中心卫生院，1所一般卫生院，维修5所一般卫生院。目前，伊旗有医疗卫生单位6个，卫生院15个。有卫生专业技术人员388名，其中取得高级专业技术职务的有25人，卫生技术人员结构日趋合理。与30年相比，伊旗的卫生基础设施和专业医疗技术人才都发生了巨大的变化。随着硬件的不断发展，全旗卫生事业在软件上也不断提升。从调整卫生管理体制，全面深化人事和分配制度改革，调整卫生院的布局和功能到对药品实行统一竞争低价采购制，管理制度得到了优化，药品采购走向了市场化运作轨道。广大群众看病难，看病贵的问题正在得到有效解决。 　

　　在十大惠民工程中，伊旗于2004年实施了农牧民大病医疗保障工程，从2005年开始，全面推行新型农村牧区合作医疗制度，全旗建立了农牧民健康保障制度，有力地解决了农牧民因病致贫和因病返贫的问题。4年来，共为7960名住院患者报支医疗费1443.92万元；为55063名门诊患者报支医疗费409.37万元；大病困难补助142人，补助医疗费36.08万元。共支付医疗费1889.37万元。目前，全旗形成了比较健全的医疗、预防、保健为一体的卫生服务网络和体系，医疗水平、疾病防治、卫生监督、妇幼保健等工作都取得明显进步。为了进一步深化和加强依法行政工作，伊旗卫生部门坚持开展不定期的食品药品卫生专项整治活动，至今未发生任何卫生事件。2006年底，阿镇接受国家爱卫会复检被评为国家卫生城镇，伊旗爱国卫生工作已进入全区、全国先进行列。今年又被评为全国食品安全范旗（县）。